二航院是重视科技发展和人才建设的高新技术企业，公司以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，紧跟集团科技发展战略，紧密围绕“全面建设具有国际竞争力的世界一流企业”的核心目标、“五商中交”战略和“三者”定位，坚持“围绕市场、支撑发展、统筹谋划、整合资源、重点突破、引领未来”的指导方针，加强关键核心技术攻关，不断完善科技创新体系，持续提升科技管理能力，持续加强科技人才队伍建设，稳步推进成果转化应用，不断深化科技体制机制改革。

公司成立了科学数字化部，主抓科技创新工作，统筹公司科技研发和管理工作的开展，建立目标责任制，健全科技创新考核评价体系；成立技术委员会和青年科技创委员会；设立技术开发中心、信息化研发中心、标准化设计研究中心3个一类研究单位，持续针对科研攻关、数字化转型、标准化建设开展工作；各生产单位积极承担研发课题，推行全员创新，深入践行“传帮带”工作机制，实现技术攻关；2020年公司获批设立博士后科研工作站，为公司培养、引进高端科研人才提供了重要科创平台。对外科技合作方面，持续与英国卡迪夫大学、大连理工大学、中科院水生所等国内外高校和科研机构，开展了多方面的产学研合作。

目前，公司拥有全国水运工程勘察设计大师、享受国务院政府特殊津贴人员、武汉市黄鹤英才（优秀青年）、武汉市十百千人才工程、水运协会和中交集团优秀科技创新团队等领军人才和优秀团队。“十三五”以来，公司共获得国际级奖项3项，国家级奖项19项，省部级奖项209项，集团级19项，发明专利15项，实用新型专利158项，软件著作权56项，发表论文659篇。